Trans Jogja merupakan alat transportasi umum berupa bus yang memiliki trayek/rute tertentu, sama seperti Trans Jakarta,Trans Jogja hanya berhenti pada halte-halte tertentu. Bus yang dilengkapi dengan AC ini memiliki tarif Rp 3000 untuk 1x perjalanan dan bila ada penumpang yang transit di halte tertentu juga tidak perlu membayar kembali.
Rute Trans Jogja sendiri mencakup beberapa tempat wisata di daerah Jogja antara lain Candi Prambanan,Malioboro,Kebun Binatang Gembira Loka dan tempat lainnya. Jam operasi bus ini dimulai dari pukul 05.30-21.30. Berbeda dengan yang ada di Jakarta,Trans Jogja tidak memiliki jalur khusus sehingga kadang terjebak dalam kemacetan juga,hanya saja kemacetan di Jogja tentunya tidak akan menyita banyak waktu 
Sampai saat ini sudah ada 8 jalur bus yang beroperasi,berikut ini adalah jalur dan rute operasi Trans Jogja:
Jalur 1 A:
- Candi Prambanan
- Bandar Udara Adisutjipto
- Jembatan Layang Janti
- Ambarrukmo Plaza
- UIN Sunan Kalijaga
- Saphir Square
- Bioskop XXI, Jl. Solo
- Rumah Sakit Bethesda, Toko Buku Gramedia, Hotel Novotel
- Hotel Santika, Pizza Hut Tugu Jogja
- Kantor Kedaulatan Rakyat
- Stasiun Tugu Jogjakarta
- Jalan Malioboro (ada 3 buah halte)
- Kantor Pos Besar, Kraton, Alun-Alun Utara, Monumen 1 Maret, Benteng Vredeburg
- Taman Pintar, Taman Parkir Bank Indonesia, Pasar Beringhardjo, Gondomanan
- Pasar Sentul (Jl. Taman Siswa)
- Taman Makan Pahlawan Kusumanegara
- Balaikota Jogjakarta
- Kebun Binatang Gembira Loka
- Jogja Expo Center
- Jembatan Janti (kembali ke arah Kalasan, Bandar Udara Adisutjipto sampai Terminal Prambanan)
Jalur 1 B :
- Terminal Prambanan
- Kalasan
- Bandara Adisucipto
- Maguwoharjo
- Janti (lewat bawah)
- Blok O
- JEC
- Babadan Gedongkuning
- Gembira Loka
- SGM
- Pasar Sentul
- Gondomanan
- Kantor Pos Besar
- RS.PKU Muhammadiyah
- Pasar Kembang
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Gramedia
- Bundaran UGM
- Colombo
- Demangan
- UIN Sunan Kalijaga
- Janti
- Maguwoharjo
- Bandra Adisucipto
- Kalasan
- Terminal Prambanan
Jalur 2 A :
- Terminal Jombor
- Monjali
- Tugu
- Stasiun Tugu
- Malioboro
- Kantor Pos Besar
- Gondomanan
- Jokteng Wetan
- Tungkak
- Gambiran
- Basen
- Rejowinangun
- Babadan Gedongkuning
- Gembira Loka
- SGM
- Cendana
- Mandala Krida
- Gayam
- Flyover Lempuyangan
- Kridosono
- Duta Wacana
- Galeria
- Gramedia
- Bunderan UGM
- Colombo
- Terminal Condongcatur
- Kentungan
- Monjali
- Terminal Jombor
Jalur 2 B :
- Terminal Jombor
- Monjali
- Kentungan
- Terminal Condong Catur
- Colombo
- Bundaran UGM
- Gramedia
- Kridosono
- Duta Wacana
- Fly-over Lempuyangan
- Gayam
- Mandala Krida
- Cendana
- SGM
- Gembiraloka
- Babadan Gedongkuning
- Rejowinangun
- Basen
- Tungkak
- Joktengwetan
- Gondomanan
- Kantor Pos Besar
- RS PKU Muhammadiyah
- Ngabean
- Wirobrajan
- BPK
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Monjali
- Terminal Jombor
Jalur 3 A :
- Terminal Giwangan
- Tegalgendu
- HS-Silver
- Jl. Nyi Pembayun
- Pegadaian Kotagede
- Basen
- Rejowinangun
- Babadan Gedongkuning
- JEC
- Blok O
- Janti (lewat atas)
- Janti
- Maguwoharjo
- Bandara ADISUCIPTO
- Maguwoharjo
- Ringroad Utara
- Terminal Condongcatur
- Kentungan
- MM UGM
- MirotaKampus
- Gondolayu
- Tugu
- Pingit
- Bundaran SAMSAT
- Badran
- PasarKembang
- Stasiun TUGU
- Malioboro
- Kantor Pos Besar
- RS PKU Muhammadiyah
- Ngabean
- Jokteng Kulon
- Plengkung Gading
- Jokteng Wetan
- Tungkak
- Wirosaban
- Tegalgendu
- Terminal Giwangan
Jalur 3 B :
- Terminal Giwangan
- Tegalgendu
- Wirosaban
- Tungkak
- Jokteng Wetan
- Plengkung Gading
- JoktengKulon
- Ngabean
- RS PKU Muhammadiyah
- Pasar Kembang
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Gondolayu
- Mirota Kampus
- MM UGM
- Kentungan
- Terminal Condong Catur
- Ringroad Utara
- Maguwoharjo
- Bandara Adisucipto
- Maguwoharjo
- JANTI (lewat bawah)
- Blok O
- JEC
- Babadan Gedongkuning
- Rejowinangun
- S3. Basen
- Pegadaian Kotagede
- Jl.Nyi Pembayun
- HS-Silver
- Tegalgendu
- Terminal Giwangan
Jalur 4 A :
- Terminal Giwangan
- SMK Muhammadiyah 3
- Museum Biologi UGM
- Hayam Wuruk
- SMPN 5
- Puro Pakualaman
- Taman Siswa
- Universitas Ahmad Dahlan
- Terminal Giwangan
Jalur 4 B :
- Terminal Giwangan
- SMK Muhammadiyah 3
- Kusumanegara 3
- SGM
- STPMD 1
- UIN Sunan Kalijaga 1
- Gedung Wanita
- LPP
- Sudirman 1
- SMPN 5
- AA YKPN
- De Britto
- UIN Sunan Kalijaga 2
- STPMD 2
- SMKN 5
- Kusumanegara 4
- Pasar Seni
- Universitas Ahmad Dahlan
- Terminal Giwangan
